Původní gotický křížovnický kostel reprezentuje vzácný příklad nezvykle krátkého, mírně příčně obdélného síňového trojlodí s polygonálním závěrem nad pěti stranami desetiúhelníku.
Orientovaný kostel měl kněžiště situované k východu, na západní straně přímo navazovala budova špitálu. Zbytky opukových pilířů, svazků přípor a soklů, jež původně nesly křížové klenby, jsou částečně odkryté v robustních pilířích barokní přestavby.
Základní kámen kostela byl položen 21. května 1252. Z několika málo pramenů víme pouze to, že do roku 1257 došlo patrně pouze k výstavbě původního chóru. Chrámové trojlodí bylo přistavěno až a panování krále Václava II. (1278–1305) na počátku 70. let 13. století. Při požáru křížovnického špitálu v roce 1378 byl kostel částečně poškozen.
Hlavní exponát
Model špitálu křížovníků s červenou hvězdou a kostela sv. Františka
představuje středověkou podobu areálu křížovníků s červenou hvězdou. Prostá podlouhlá hranolová hmota špitálu je přiložena k severnímu boku nájezdové rampy Juditina mostu.
Ke špitálu přímo přisedá krátké trojlodí síňového kostela sv. Františka. U jihozápadního rohu špitálu stojí na prvním mostním pilíři průjezdní branská věž Juditina mostu.
Tuto expozici naleznete v Muzeu Karlova mostu, místnost číslo 15.