Сначала Ян работал нотариусом в канцелярии пражского архиепископа Яна Очка из Влашима. Отучившись на юридическом факультете Карлова университета, Ян получил титул бакалавра. Потом в Италии, в Падове, получил ученую степень доктора церковного права. С 1389 года возглавлял Канцелярию генерального викария.

Его заключению под стражу предшествовали острые споры архиепископа Яна из Йенштейна с королем. Вероятно, непосредственным поводом к аресту послужило подтверждение Яном назначения Олена - нового аббата монастыря в Кладрубах, которое состоялось против воли Вацлава IV. Были схвачены и четыре советника Яна, трое из них после пыток были отпущены. Тело генерального викария Яна выплыло на поверхность Влтавы 17 апреля 1393 года в местах недалеко от нынешнего отеля «Интерконтиненталь» и было уложено в костеле святого Креста (большего) при монастыре Ордена Крестоносцев Красного Сердца.

22 ноября 1396 года останки Яна из Помука были перенесены в храм святого Вита. Этот инцидент послужил предлогом для многочисленных жалоб императорских курфюрстов и, помимо других результатов, привел к лишению Вацлава титула римского короля. Смерть Яна из Помука скоро обросла разными легендами. В одной из них говорится, что причиной его смерти послужил отказ раскрыть тайну исповеди жены Вацлава Жофии.

15 апреля 1719 года при эксгумации останков Яна было обнаружено, что в черепе сохранился язык. Этот факт послужил к ускоренному благословению (31 мая 1721 года папой Иннокентием XIII) и потом, спустя 336 лет после смерти, объявлению Яна святым (19 марта 1729 года). Последняя эксгумация, проведенная 31 мая 1972 года, показала, что ткань, которую ранее считали языком, на самом деле — часть мозга.

В год наречения Яна святым у его статуи на мосту была поставлена часовня, в которой якобы «пылало множество огоньков, цветные огни горели на обеих мостовых башнях, а на мосту была такая толкучка, что люди перебирались с одного берега на другой на лодках».

Ярким представлением с фейерверками и музыкой на лодках стали проводимые с 1729 года святоянские торжества у статуи святого Яна Непомуцкого. Своей пышностью и славой они якобы затмили блеск коронационных торжеств 1723 года. Во времена правления Иосифа II святоянские торжества были запрещены, после его смерти традиция возобновилась.

Св. Ян Непомуцкий стал покровителем исповедников, мельников, сплавщиков, лодочников и мостов. Его атрибутами стали облачение каноника, берет, распятие в правой руке, пальма, книга, приложенный к губам палец и пять звезд над головой. По легенде тело святого было найдено благодаря пяти сияющим над ним звездам. Статуя Яна Непомуцкого стоит на мосту дольше всех остальных — с 1683 года, находится между 9 и 10 опорами. По правой стороне моста перед 8 опорой на перилах, в месте, где викарий был сброшен в реку, укреплена доска с металлическим крестом и пятью звездами.